Los orígenes de La Pobla de Farnals se remontan a la Edad Media. Las primeras fuentes en las que se menciona el municipio son las donaciones que hace el Cid al obispo de Valencia Jeroni de Perigord en el año 1098. En el Llibre del Repartiment de Jaume I, ciento cuarenta años después, se pone de manifiesto que la alquería musulmana original cuenta ya con dos núcleos: الفوقية, al-fauquíai السفلية, As-siflía, que significan “de arriba” i “de abajo”. Primeramente se otorgó a Guillem de Alcalà pero definitivamente pasó a ser propiedad de Deusdat, Sanç d’Aimà y Pere Martí en el año 1240. La Pobla de Farnals fue una baronía desde el siglo XIV hasta la segregación como universidad –es decir: municipio- independiente del Puig en 1608. Tal baronía integraba los núcleos del Puig, cebolla (actualmente desierto), La Creu i Moratall y así figura en el testamento de Margarida de Lloria en el año 1340. Al morir sin descendencia, la baja jurisdicción pasaría a la ciudad de Valencia y a la familia Exarch.
La expulsión de los moriscos en 1608-1613 significaría un descenso importante en la población de la nueva municipalidad independiente de La Pobla de Farnals, como así queda reflejado en los documentos relativos al proceso de segregación. El nivel de población no se recuperaría hasta finales del siglo XVII. El barrio de Moratall posiblemente estaría íntegramente poblado por moriscos y al quedar-se deshabitado sería ocupado de nuevo por vecinos cristianos. Es entonces cuando La Creu se convierte en el núcleo más próspero y por el cual se conoce popularmente a la Pobla de Farnals y, por tanto, es el gentilicio de poblense el propio de los naturales de la La Pobla de Farnals. La recuperación económica y demográfica queda de manifiesto en la construcción de la iglesia parroquial a partir de la antigua ermita consagrada a San José. El templo fue ampliado en 1785 con motivo de la venida de los restos de San Félix, poblense. El templo dependió eclesiásticamente de la parroquia de Massamagrell hasta el año 1902 en el que se constituye también una parroquia independiente.
Cavanilles, en su obra Observaciones sobre la historia natural, geografía, agricultura, población y frutos del reino de Valencia, cita a la Pobla de Farnals como un “llogaret que creix de dia en dia” y la describe como un ejemplo de pueblo de la huerta valenciana, dedicado a la agricultura. Así sería durante el siglo XIX en las descripciones de las obras hechas por Miñano i Madoz entre los años 1829 y 1850 respectivamente. Destaca en este último período el cultivo de moreras para la confección de seda y la preeminencia de cultivos mediterráneos.
No sería hasta el siglo XX cuando la Pobla de Farnals experimenta su desarrollo más notable. A finales de los años 50 se desarrollan los proyectos de urbanización de la playa aprovechando el empuje del turismo en España durante la década siguiente. A nivel industrial, el desarrollo del sector agroalimentario destinado a la exportación de cítricos y la industria conservera tiene lugar al mismo tiempo que se instala la factoría de Cárnicas Roig. Destaca sobre todo una incipiente industria metalúrgica relacionada con el auge de la construcción que en el pueblo mantiene el récord de “la varilla” precisamente porque buena parte del producto industrial se empleaba en la construcción de viviendas. A finales de los años 70 la urbanización del núcleo de la playa ya es un hecho, contando con un puerto deportivo y población residente durante todo el año.
Este aumento de la actividad generalizado durante la segunda mitad del siglo XX hizo del municipio un polo de atracción inmigratoria. Relacionado con la industria cárnica se asentaron familias provenientes de Cumbres Mayores (Huelva). Las relaciones culturales no se han perdido con el pueblo de origen dando lugar a manifestaciones culturales singulares en las principales festividades locales que se celebran entre julio y septiembre, dependiendo del núcleo urbano. Otro contingente importante de nuevos pobladores fue el proveniente de las sierras de Cazorla y Segura (Jaén) como consecuencia de la declaración de Coto Nacional de Caza el año 1960.
Durante la década de 1980 La Pobla de Farnals sufrió las consecuencias de la desindustrialización y experimentó un aumento de la actividad en el sector terciario de forma ininterrumpida hasta principios del siglo XXI. La proximidad a los grandes núcleos de población y su buena conectividad con las principales vías de comunicación han contribuido a una tendencia urbanística orientada a los residenciales. Como consecuencia, La Pobla de Farnals ha seguido aumentando su población hasta los 7.776 en el 2015.